उपचारात्मक सेवा कार्यक्रम: उपचारात्मक सेवा कार्यक्रमले विशेष स्वास्थ्य संस्था तथा अस्पतालहरू स्थापना, सञ्चालन र स्तरवृद्धि गर्न नियमन र समन्वय गर्दछ। यस कार्यक्रम अन्तर्गत स्वास्थ्य संस्थाहरुको न्यूनतम सेवा मापदण्ड सुनिश्चित गर्नुका साथै आधारभुत उपचारात्मक स्वास्थ्य सेवा प्रदान गर्न स्वास्थकर्मीहरुको क्षमता अभिवृद्धि गर्ने कार्यहरु रहेको छ।

महिला सामुदायिक स्वास्थ्य स्वयंसेविका कार्यक्रम: आम जनसमूदायहरूमा स्वास्थ्य सम्बन्धी जनचेतना अभिवृद्धि गरी बाल स्वास्थ्य, परिवार स्वास्थ्य र रोग नियन्त्रण सम्बन्धिका गतिविधिहरू प्रभावकारी रूपमा संचालन गर्नु नै म.स.स्वा.से. कार्यक्रमको प्रमुख ध्येय रहेको छ।

तथ्यांक व्यवस्थापन कार्यक्रम: स्वास्थ्य संस्था तथा समुदाय स्तरमा सम्पादित स्वास्थ्य सम्बन्धि क्रियाकलापहरु व्यवस्थित राख्नुको साथै सरोकारवालाहरुलाई जानकारी प्रदान गर्न निर्दष्ट फारमहरूको प्रयोग गरी नियमित मासिक रुपमा संकलन गरी विभिन्न निकायहरुमा प्रतिवेदन पठाईन्छ । विगतको लिखित प्रतिवेदन गर्ने प्रक्रियामा सुधार गर्दै web-based प्रणालीबाट स्वास्थ्य संस्थाले सोझै प्रतिवेदन गर्ने ब्यास्था गरिएको छ ।

सूचना संचार कार्यक्रम: यस कार्यक्रम अन्तरगत सेवाग्राहीबाट सेवा मागको लागि शसक्तिकरण तथा उनीहरूको स्वास्थ्य प्रवर्धनात्मक गतिविधिका लागि सकारात्मक व्यवहार परिवर्तन ल्याउन विभिन्न किसिमका सूचना तथा संचारका क्रियाकलापहरु संचालन भैरहेका छन । समुदायस्तरीय स्वास्थ्य शिक्षा, शैक्षिक सामाग्रीको वितरण तथा प्रदर्शन, अम संचार माध्यमबाट स्वास्थ्य सन्देश प्रसारण र प्रकाशन जस्ता गतिविधिहरू संचालन भैरहेका छन ।

आपूर्ति व्यवस्थापन कार्यक्रम: आपूर्ति ब्यबस्थापन कार्यक्रम अन्तर्गत संघ तथा प्रदेशबाट प्राप्त औषधि लगायत अन्य स्वास्थ्य सामग्रीहरूको आपूर्ति जिल्लाबाट सबै स्थानिय तहहरुमा नियमित भैरहेको छ र सोको प्रतिवेदन स्थानिय तहबाट तथा स्वास्थ्य संस्थाबाट Online Reporting भइरहेको छ ।